Na dorubok treba reagovať už pri spisovaní protokolu o daňovej kontrole. Odvolať sa však možno až proti dodatočnému platobnému výmeru, ktorý vydá správca dane na základe kontrolných zistení. Až vtedy totiž vzniká povinnosť platiť dorubenú daň. Protokol o daňovej kontrole totiž nie je rozhodnutím vydaným v daňovom konaní. Preto ho nemožno napadnúť ani odvolaním.
Prerokovanie protokolu
Prerokovaním protokolu sa daňová kontrola končí. Platí pritom pravidlo „jedna kontrola, jeden protokol“. Protokol musia vlastnoručne podpísať všetci daňoví kontrolóri a podnikateľ alebo ním poverený zástupca. Daňové úrady robia často chybu v tom, že dovolia, aby sa za daňový subjekt podpísal účtovník alebo ekonomický riaditeľ bez toho, aby mal od štatutára plnú moc s úradne overeným podpisom. Porušujú tak daňové tajomstvo, lebo konajú s nekompetentnou osobou. Daňový úrad by nemal zabudnúť ani na to, že pri každom podpise by malo byť uvedené, komu šifra patrí. V praxi sa už stalo, že súd pre neidentifikovateľnosť podpisov zrušil daňové rozhodnutie a vrátil vec na ďalšie konanie.
Nestačí, aby daňoví úradníci protokol o daňovej kontrole napísali. S podnikateľom ho musia aj prerokovať. To je najdôležitejšia fáza celej daňovej kontroly. Ak sa totiž črtá daňový dorubok, podnikateľ by sa mal začať brániť práve v tomto čase. Treba si uvedomiť, že bez protokolu by nebol ani platobný výmer. Daňový úrad by totiž nemal ako daňový nedoplatok vyčísliť.
Správca dane zašle podnikateľovi výzvu na prerokovanie protokolu, ku ktorej pripojí aj jeho kópiu, aby si ho mohol v pokoji preštudovať. V minulosti zákon nestanovoval povinnosť zaslať spolu s výzvou aj kópiu protokolu. Potom sa stávalo, že podnikateľ išiel vlastne prerokovať niečo, s čím ešte nebol oboznámený.
Ak podnikateľ s kontrolnými zisteniami súhlasí, podčiarkne vo vete „Kontrolovaný daňový subjekt s výsledkom kontroly súhlasí – nesúhlasí“, ktorá sa často uvádza na záver protokolu, prvú alternatívu. Následne protokol podpíše.
Bez dodatkov
Aj v prípade, ak daňový subjekt s obsahom protokolu nesúhlasí, mal by ho podpísať. Zákon totiž hovorí, že bezdôvodné odmietnutie podpisu nemá vplyv na platnosť v ňom uvádzaných zistení. Navyše to v prípadnom súdnom konaní vzbudzuje dojem o pasivite daňového subjektu. Ak sa podnikateľ nezúčastní bez ospravedlnenia na prerokovaní protokolu, platí podobná domnienka. Právna norma na to hľadí tak, ako keby sa protokol prerokoval v plánovaný deň. Je preto lepšie, ak sa daňový subjekt hneď bráni. Môže sa písomne vyjadriť k protokolu najneskôr v deň jeho prerokovania. A má právo, aby jeho námietky boli v protokole aj uvedené.
Do septembra 1999 sa v záverečnej časti protokolu uvádzala obvykle klauzula, že „právo daňového úradu vykonať ďalšiu, podrobnejšiu kontrolu, bez ohľadu na výsledok tejto zostáva nedotknuté“. Zákon totiž pripúšťal opakovanie daňovej kontroly bez obmedzenia. S tým súviselo aj to, že jeden protokol mal často niekoľko dodatkov. V súčasnosti by sa to už stávať nemalo. Správca dane môže totiž opraviť alebo doplniť protokol najneskôr v deň jeho prerokovania. U podnikateľa by sa mala teda v zásade vykonať len jedna hĺbková daňová kontrola.
Takzvanú opakovanú daňovú kontrolu môže daňový úrad vykonať len výnimočne v troch prípadoch: ak ho daňový subjekt požiada o vrátenie dane dodatočným daňovým priznaním, o vrátenie nadmerného odpočtu na DPH alebo ak podnet na opakovanie kontroly dá Daňové riaditeľstvo SR ako odvolací orgán alebo Ministerstvo financií SR. Hlavne touto poslednou alternatívou zákonodarca pootvára pre daňové úrady dvierka na opakovanie daňovej kontroly. Tento podnet môže totiž dať ministerstvo financií hocikedy.
Koncept protokolu
Daňový úrad robil u podnikateľa kontrolu dane z príjmov. Pripravil koncept protokolu o daňovej kontrole a zaslal ho daňovému subjektu spolu s výzvou na jeho prerokovanie. Tento protokol označil ako koncept. Neskôr daňový úrad predložil podnikateľovi pri záverečnom prerokovaní konečnú podobu toho istého protokolu o daňovej kontrole, avšak pod inou spisovou značkou.
Daňový subjekt v konaní namietal, že pôvodne mu správca dane predložil koncept protokolu (podnikateľ uznal, že ide o koncept) pod jednou spisovou značkou, a potom mal podpísať definitívnu verziu protokolu, ktorý mal už inú spisovú značku.
Daňový subjekt však s takouto argumentáciou neuspel. Treba si uvedomiť, že až do záverečného prerokúvania protokolu o daňovej kontrole ho môže správca dane opraviť alebo doplniť. To, že koncept protokolu mal inú spisovú značku ako sám protokol, súvisí so systémom spracúvania pošty v daňovom informačnom systéme. Ten totiž každej písomnosti priradí automaticky inú spisovú značku.
